Te lo scrivo su piu' righe per comprenderlo meglio:
codice:
<input type="file" name="file" onChange="
x = this.value.toLowerCase().split('.');
if(x[x.length-1] != 'pdf') {
  alert('Errore file non ammesso! devi caricare un file PDF (Acrobat)');
  this.value=''
}
">