Perdonami ma quando ho provato il tuo script non avevo inserito la libreria jquery (infatti non l'avevo nemmeno provato )

Cmq, adesso è molto chiaro quello ti serve
Io lo farei così
codice:
<script type="text/javascript">
//<![CDATA[
$(document).ready(function(){
$('input.group1').hide();
});
function altro(value){
	if(value == 'Altro'){
		$('input.group1').fadeIn(300);
	}else{
		$('input.group1').fadeOut(300);
	}
}
//]]> 
</script>
<select onchange="altro(this.value)">
<OPTION VALUE="Bonifico Bancario" id="group5">Bonifico Bancario</option>
<OPTION VALUE="Assegno Circolare" id="group4">Assegno Circolare</option>
<OPTION VALUE="Assegno di Libretto" id="group3">Assegno di Libretto</option>
<OPTION VALUE="Contanti" id="group2">Contanti</option>
<OPTION VALUE="Altro" SELECTED id="group1">Altro</option>
</select>
<input class="group1" name="tipopagamento" type="text" maxlength="35" value="'.$row['tipo_pagamento'].'"/>