Il mio script PHP esce dalla pagina dove viene chiamato

[P4nico]

c'è qualcosa che non capisco nella tua domanda.... partiamo con ordine: ma lo script PHP viene eseguito o no? quell'include è dentro un template file (mai vista quell'istruzione in Perl)?

Allora si lo script viene eseguito infatti la prima volta che viene aperta la pagina Twiki che contiene l'INCLUDE del mio script php, il primo risultato che si vede è corretto ci sono i form fatti a tendina con dentro le variabili acquisite da un Excel ed il bottone che ho creato, tutto corretto.
Il problema nasce nel momento in cui premo il bottone e il browser mi porta direttamente al file .php, quindi pagina bianca (non + nel Twiki) e il risultato che vedo è corretto perchè esegue le funzioni php che ho scritto e mi fa vedere correttamente il risultato, il problema è che non rimane nel Twiki, io vorrei che il risultato si vedesse direttamente sotto ai miei form e al bottone senza portarmi nella pagina bianca dello script.

Il problema non c'entra niente con php.
Tu hai una pagina html che contiene un form che punta ad uno script php, e quindi quando dai invio è ovvio che l'intera pagina venga ricaricata con l'output dello script. Se non vuoi questo, hai due possibilità:
1) invece di usare la INCLUDE che hai postato metti nella pagina un iframe che punta allo script php, così l'output dell'invio del form ricaricherà dentro l'iframe e non toccherà il resto della pagina
2) usi Ajax per inviare il form e ricaricare l'output ricevuto sulla sola parte della pagina prodotta da php.

Hai colto nel segno, ho provato ad eseguire lo script dentro ad un <iframe> e funziona, nel senso già dal primo caricamento della pagina, mi appare un quadrato dove all'interno c'è il mio codice php ed anche se lo eseguo mi rimane nel Twiki e continua a lavorare dentro all'iframe.
Va bene, ma sono sicuro che c'è un modo per scrivere il codice php per ottenere questo risultato anche senza dover ricorrere all'iframe (che esteticamente non mi piace).

Nel Twiki ci sono altre pagine che lavorano in questo modo.
Come potete vedere per adesso ho scritto lo script senza fargli passare alcun parametro e facendogli fare tutto all'interno dopo essere stato evocato.
Forse se gli faccio passare dei parametri (variabili selezionate dai form a tendina) e al bottone submit gli dico se le variabili non sono visualizzate, allora non stamparmi la <table> con i risultati, se invece lo sono stampamela subito sotto? Ma temo che premendo il bottone, verrò sempre riportato nella pagina bianca del php.