Scrivi così

codice:
echo off
SET /P scelta="Vuoi avviare il programma? Digita 's' per avviarlo, qualsiasi altro tasto per non avviarlo: "
IF "%scelta%"=="s" (
    ECHO Fra qualche secondo verra' avviato il programma...
    timeout /t 3
) ELSE ( 
    ECHO ciao
)

e comunque doveva essere

set scelta=s