Ciao Antonio,
Con js non è possibile editare file pdf, bisognerebbe agire sul codice che li crea i pdf.

Se puoi intervenire sull'applicazione che crea i pdf, posso spostarti sul forum relativo al linguaggio utilizzato.
Se invece l'applicazione non è tua, mi sentirei di consigliarti di modificare le impostazioni della tua stampante di modo che stampi senza margini.