in queste situazioni seguo alcune regole..

1) un censimento su excel di tutte le funzioni (con un editor ed un find puoi farlo quasi in automatico), con a fianco una mia analisi (quante volte vengono chiamate nel codice?). Magari vien fuori che di 300 funzioni scritte male, ne vengono usate soltanto 20. E comunque avere un quadro chiaro aiuta a ragionarci sopra.

2) se utile, usare http://php.net/manual/en/function.override-function.php

3) il find/replace con le espressioni regolari può far bei lavori