basta che aggiungi al comando la proprietà SelectedIndex="<%# ViewState["nomeviewstate"] %>" dove nomeviewstate è la ViewState che hai (in qualche modo) impostato precedentemente con l'indice dell'elemento selezionato.
In ogni caso Trinità, la tua soluzione è pittosto ovvia e va non bene ma benissimo, c'è però da dire che "bindando" un comando in questo modo devi associarlo per forza ad un DataSet, cosa abbastanza sconveniente. Usando invece la soluzione che ti ho proposto puoi tranquillamente fare tutto con un DataReader, e riempire quindi la DropDownList a forza di Items.Add iterati dentro un ciclo di lettura. Inoltre questo metodo consente di creare DropDownList datadriven "a cascata" (come ad esempio una che ti consente di selezionare le nazioni ed un'altra che ti fa scegliere le province, se scegli Italia compaiono le provincie italiane, se scegli USA gli stati statunitensi e cosi via), sempre all'interno di un oggetto repeater (o Data... etc).
Inoltre, proprio a riguardo del SeletedIndex, puoi utilizzare la proprietà in questione solo indicando il numero dell'indice selezionato, ma se non disponessi di questo numero è avessi solo il valore (di tipo stringa) restituito dalla precedente selezione? Non potresti "cercarlo" nella DropDownList con SelectedIndex. Se è questo il tuo caso fammi sapere...