Per disabilitare il directory listing in Apache devi cambiare, in httpd.conf, la direttiva Options:

# The Options directive is both complicated and important. Please see
# http://httpd.apache.org/docs-2.0/mod/core.html#options
# for more information.
#
Options Indexes FollowSymLinks

Bisogna togliere "Indexes", e lasciare solo

#
Options FollowSymLinks

In questo modo, quando un utente accede a una cartella sprovvista di index, avrà il messaggio di errore standard per queste occasioni (403 Forbidden):

Forbidden
You don't have permission to access / on this server.

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Apache/2.0.43 Server at nomeserver Port 80