Per fare la cosa più pulita dovresti:
1: disco di ripristino (hanno già detto come.. :-))
2: procurarti tutti i dati che vuoi tenere in un bel backup
3: avviare da floppy di ripristino e da li formattare l'hard disk (A:\format c !!!! solo dopo che ti sei assicurato di aver salvato tutto cio che ti serve e di avere i driver delle periferiche !!!
4: dal bios (canc appena parte il pc) mettere come first boot il cd
5: seguire l'installazione del cd (se non parte puoi farlo partire col floppy di ripristino cercando il nome del cd e dando es.. D:\setup.exe)
6: finita l'installazione farti un nuovo disco di di ripristino del sistema appena installato (da custodire gelosamente x gli anni venturi..)
7: tornare nel bios e reimpostare la sequenza di boot: floppy/disco(ide0 se hai un solo disco fisso)/cdrom

8: se hai altre domande fammi sapere

questo è quello che io facio di solito e formatto i sistemi win xchè la cara microsoft dopo due mesi di utilizzo mi va inevitabilmente in crash.. ora sono passato ad XP.. provare non nuoce ma sto tentado di imparare Linux :sexpulp:

Partition magic lo devi usare se hai più dischi e se vuoi partizionare da un sistema operativo che stai usando un altro disco --> non quello che contiene il tuo File system !!!! è facile da usare e installandolo si capisce subito come usarlo..