L'eresia e` questa:
if(i%2=1){

Il confronto si fa con == (e questo e` simile anche in C)

pero` vedi questa riscrittura dell'if (che da programmatore C ti dovrebbe piacere):

document.getElementsByTagName("TR")[i].style.backgroundColor = (i%2==1) ? "#FFFFFF": "#000000";

Ciao
Michele