Prima di tutto ho fatto una ricerca, ma non se ne è già parlato (anche se un topic vagamente simile c'è).

La situazione:
Browser: IE (posso provare solo con quello)

Css esterno in cui vengono dichiarati 2 sezioni div con lunghezza 100%.

Nella pagina i 2 blocchi sono uno sotto l'altro ma a seconda del doctype la visualizzazione è differente.

Nella pagina con il doctype html transitional i 2 blocchi hanno la stessa lunghezza

Nella pagina con il doctype xhtml il blocco superiore è visualizzato più lungo.

Qualke idea del xché?