Ma perchè?

Inserisci nello script i dati di connessione al server ftp e poi fai tutte le operazioni come se fosse un normale FTP.

dov'è il problema?
Mica devi inserire quel percorso per cancellare il file.
Una volta dentro la root, navighi per le cartelle e quando trovi quel file lo cancelli con la funzione apposita.