Codice PHP:
$query .= (empty($query)) ? "DELETE FROM tabella WHERE id=$item" : " AND id=$item"; 
Questo è un semplice operatore logico.. una sorta di if-else. In pratica con quel ciclo tu definisci SOLO la variabile che contiene la query. Se il valore di $query è nullo ti ci mette dentro "DELETE FROM tabella WHERE id=primoitem" poi ogni elemento successivo, essendo $query diversa dal nulla ti ci aggiunge AND id=item2 AND id=item3 etc...
In pratica supponendo che l'array sia composto da questi elementi 2,5,9
la variabile $query varrà:
"DELETE FROM tabella WHERE id=2 AND id=5 AND id=9".
Semplice no?