Dalla mia modesta esperienza direi che condivido quanto dice key la pagina web è come un giornale, un libro ecc quindi chi vi arriva comincia a leggere dal logo del sito (in genere posto in alto a sx di chi guarda) in orizzontale fin verso il menu che generalmente si trova a sx di chi guarda per formerasi sul corpo della pagina e continuare fin giù a dx di chi guarda se non trova ciò che cerca nel corpo (per il cinema è un po diverso perchè il formato dello schermo è rettangolare tipo 16:9 quindi in quel caso il modo di porsi dell'osservatore è diverso).

quindi i sistemerei i banner seguendo questo ordine ma la cosa più importante è che questi si integrino bene con la grafica della pagina e nel contesto questo presumibilmente è il motivo per il quale i link testuali hanno funzionato bene. Il max della targhettizzazione per quanto riguarda l'argomento ed inoltre il banner deve sembrare parte integrante della pagina quindi uno spunto di navigazione in più sull'argomento trattato senza far pensare al visitatore che se ci clicca su esce dal sito perchè inconsciamente non vuole rimbalzare da un sito all'altro.

Un buon sistema è quello di mettere i banner alternandoli con i contenuti quindi tra i box di un menu, o nel corpo della pagina.

La zona di dx dello schermo si presta bene per banner appariscenti perchè richiama l'attenzione.

a te la scelta come ha già detto piccolo elfo devi provare e in più io aggiungo dopo che hai sistemato i banner non guardare le stat (o se le guardi non trarre conclusioni) se non è passato un tempo accettabile altrimenti fai solo danni.