mi capita spesso di ricevere file di Illustrator e ogni singolo elemento è posizionato su un livello diverso raggruppati in sottocategorie

per quanto riguarda i colori il mixer serve a comporli in base al metodo, RGB, CMYK, Lab, mi sembra abbastanza chiara e semplice la cosa, una volta creato lo prendi e lo trascini nel pannello Campioni

per quanto riguarda i Pennelli non ho ben chiaro a cosa ti riferisci per poter trovare qualcosa di analogo in FreeHand

per quanto riguarda il riempimento a cui fai riferimento forse si tratta della fusione fra 2 oggetti anche con forme e colori diversi