Di solito il kernel si scompatta sotto /usr/src/linux-xx.yy/..

Entri nella cartella, esegui

make mrproper
make menuconfig

Con questo ultimo comando ti si apre un menu di configurazione, dopo che hai configurato il tutto, esegui:

make dep
make clean
make bzImage
make modules
make modules_install

Di solito richiede una oretta la compilazione..
(questi sono i comandi per il 2.4, ma penso vadano bene anke x il 2.6 )

Poi copi il kernel nella directory di boot con:

cp /usr/src/linux-xx.yy/arch/i386/boot/bzImage /boot

riavvii, incroci le dita ed e' fatto!!