Vabbè... il fatto che tu abbia costruito un array di JButton non cambia la sostanza. Quando sai qual è il pulsante che è stato premuto, lo indicizzi e usi il metodo setForeground():
codice:
button[indice].setForeground( Color.red );

oppure, dato che hai salvato il pulsante nella variabile bottone

bottone.setForeground( Color.red );
Ciao.