Dato che non so come risolvere il tuo problema, non ho mai aperto una pop-up senza un browser, mi viene un'altra idea:
non puoi simulare stesso con flash che sul tuo stage si sia aperta una finestra che "simuli" una pop, nel senso che la fai anche draggabile, con un leggero effetto ombra e tutto il resto.

boh, forse non ho capito un caxxio, ciaooooooooo.