Do per scontato che il tuo sito utilizzi un layout liquido (altrimenti da domanda non avrebbe molto senso).

Crei un div largo come la tua % di pagina che hai già impostato dove mettere l'header, quest'ultimo lo imposti come sfondo, lo allinei a sx/dx a seconda di quale parte dell'header vuoi "croppare" per prima, et voità.