può andare una cosa del genere?
Crea un array con le query errate...( sinc non l'ho provata,quindi mi scuso se ci sono errori).
Per avere il totale di queste basta che fai count($arrError);

Codice PHP:
<?php

include("dbconnect.php");

$filename file("agg-dati.sql");
$err 0;
foreach(
$filename as $valore)
{
 if(!
mysql_query($valore))
  {    
    
$arrError[$err] = $valore
    
$err++;
  }



?>
scusa 13manuel84, mi sono accorto solo dopo aver postato che avevi già risposto tu...