il file di configurazione è apposto

l'unica cosa che ci sta riguardandi le regole è

<IfModule mod_rewrite.c>
#RewriteEngine on
RewriteLog rewrite.log
RewriteLogLevel 9
</IfModule>

ed ovviamente non da fastidio lui, ma dato che c'hai i log, non dice nulla rigurdo ai log?

PS: prova a mettere le regole direttamente nel file di config di apache, lo so ... è inutile come prova, ma arrivati a questo punto conviene non scarcare nessuna possibilità