Vediamo se ho capito, tu dici di aggiungere un punto al mio comando jar cvfm e quindi verrebbe così:

C:\jdk1.4.2\bin\jar cvfm WKSRAC.jar MANIFEST.MF ./wksrac.

In questo caso il messaggio non cambia se invece lancio lo stesso comando con un blank e il punto e quindi .... MANIFEST.MF ./wksrac .
Mi restituisce il messaggio seguente:
Invalid or corrupt jarfile D:\test_java\WKSRAC\build\classes\WKSRAC.jar