Dal titolo suppongo tu stai parlando di frame,
e quindi non dovresti avere questo problema..., se fai es due frame sono intesi automaticamente height100%:

codice:
<frameset rows="*,*"">
		<frame src="Frame-1.htm" name="topFrame" id="topFrame" title="topFrame" />
		<frame src="Frame-2.htm" name="mainFrame" id="mainFrame" title="mainFrame" />
</frameset>
ciaux