dal momento che includi, il file viene eseguito e quindi non modificabile 'al volo'
tranne che il file incluso sia per esempio una variabile contenente la pagina...

$pagina_html = "tutto il codice incluso....<body> etc...";
in questo caso puoi utilizzare per esempio

str_replace(); per sostituire righe o tag e poi stampare con un echo il codice a video..