se metto degli script nella root del sito praticamente mi crea dei problemi (credo di percorso) mentre se lo metto in una cartella lo script funziona benissimo.

Ad esempio

$doc = domxml_open_file(realpath("prova.xml"));

se messo nella root (ovviamente il file prova.xml è nella root) non funziona, se sposto invece il file con lo script e il file prova.xml dentro una cartella, allora funziona tutto benissimo.

E comunque questo problema non l'ho riscontrato solo con questa cosa ma anche se ad esempio faccio un file_exists se è nella root lo script non funziona, altrimenti si.