Ho provato a creare un form di esempio con numerosi controlli all'interno, tra cui molte TextBox. Ho impostato i vari indici... Ho salvato il progetto e poi ho aperto il file della form (form.frm) con NOTEPAD: si vede perfettamente l'ordine degli indici dei vari controlli.

Se tutto ciò risulta corretto ma continui ad avere problemi, mi viene in mente una sola cosa : che ci sia qualcosa all'inteno del codice che sposti la selezione in un ordine diverso da quello impostato tramite il TabIndex...