quando crei la cartella fai

mkdir("percorso",0700);

ti do anche alcuni permessi nel caso ti interessassero

// Lettura e scrittura per il proprietario, e nessun permesso per gli altri
$chmod1=chmod("/somedir/somefile", 0600);

// Lettura e scrittura per il proprietario, e lettura per gli altri
$chmod2=chmod("/somedir/somefile", 0644);

// Accesso completo per il proprietario, e lettura ed esecuzione per gli altri
$chmod3=chmod("/somedir/somefile", 0755);

// Accesso completo per il proprietario, e lettura ed esecuzione per il gruppo del proprietario
$chmod4=chmod("/somedir/somefile", 0750);
$file=fopen($files,$chmod2);