Come si scrive un file in un punto preciso?

[k.b]

Dipende dal criterio secondo il quale devi effettuare la sostituzione.

Stando al tuo esempio:

$testo = file_get_contents('nomefile.txt');
$testo = str_replace('_', '_ tu ', $testo);
file_put_contents('nomefile.txt', $testo);