Dubito che si riesca a fare in maniera decente in Batch, quello che ti serve è un linguaggio di scripting "vero" dotato di un parser HTML: una volta ottenuto l'albero DOM del documento, lo puoi manipolare come ti pare e poi riscrivere su disco.

Personalmente userei Python con BeautifulSoup (che supporta bene questo genere di cose), ma ci sono diverse alternative per altri linguaggi.