Questo per copiare il file.
Fa uso della NIO, quindi dovrebbe essere piuttosto efficiente.
codice:
import java.nio.file.Files;
import java.nio.file.Paths;
import java.nio.file.StandardCopyOption;

public class CopiaFile {
    public static void main(String[] args) {
        try {
            Path src = Paths.get( ... );   // Percorso del file di origine
            Path dst = Paths.get( ... );   // Percorso del file di destinazione
            Files.copy(src, dst, StandardCopyOption.REPLACE_EXISTING);
        } catch (Exception e) {
            e.printStackTrace();
        }
    }
}

Ciao.