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Se volete metterla diversamente, le DirectX sono un estensione del sistema operativo. Non sono un software in user space che accede all'hardware, ma un pezzo di sistema operativo che si occupa dell'astrazione dell'hardware, nel caso specifico acceleratori 2D e 3D, device di input e non so se qualcos'altro. Lamentarsi del fatto che le DirectX hanno accesso all'hardware è come lamentarsi del fatto che ce l'hanno i moduli DRI del kernel linux. Ripeto, DirectX non è solo una libreria 3D ma un estensione del sistema operativo.
I virus hanno accesso al sistema perchè sfruttano bug di processi che girano in kernel space per elevare i propri privilegi, stessa cosa puà accadere su Linux o su qualunque altro sistema *nix. Che poi questi abbiano meno bug di Windows è un alto paio di maniche.
Spesso si fa confusione fra l'architettura di Win9x e quella di NT. I due sistemi non condividono nulla se non una buona parte del sottosistema Win32 che gira in user space. NT/2000/XP/2003 hanno un kernel vero e proprio nel senso tradizionale del termine, solo che nel kernel è integrato anche il sottosistema grafico (da NT4 in poi) per motivi prestaionali.