stdio.h e le API di Windows non hanno nulla di incompatibile ... altrimenti non funzionerebbero una marea di programmi ...

Perche' non chiarisci quello che dici?

Ad esempio

quale compilatore stai usando?

un esempio di codice che ti da' il problema ...

quale e' il problema in dettaglio?

Se usi devcpp e un programma che gira in console e lo avvi dal suo IDE, allora devi inserire una pausa del tipo

system("PAUSE");

perche' devcpp non lo fa (al contrario di Visual Studio) e ti puo' dare l'impressione che la finestra del dos non si apra ...

Ma non so se quanto dico sia il tuo problema perche', sinceramente, non ti sei spiegato.