se hai accesso al server, imposta il "safe mode" del file di configurazione per quel dato dominio ad "off" o altrimenti metodo migliore eseguibile da codice dopo il copy o il move_uploading_file dai il comando chmod al file appena creato impostando permessi a 0777
Codice PHP:
//crei la directory di destinazione se non esiste
mkdir ("folder", 0777);
//imposti permessi alla directory
chmod ("folder", 0777);
$wfile=contenuto del file da aploadare
$path=nome del file; //$path è il nome del file
$filename="folder/".$path; //percorso completo del file da creare
move_uploaded_file($wfile,$filename);
chmod ($filename, 0777); //imposti i permessi per il file inserito
spero possa esserti di aiuto 
ciao
Permessi di invio
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