primo appunto:

l'assegnazione dei valori alle variabili in bash si fa senza separare da spazi la variabile, il simbolo di uguale, e il suo valore.

codice:
FILE=Start.cpp
FILEGO=Start.exe
secondo appunto:

nel primo alias (c) all'interno del pattern da rimpiazzare con sed usi le parentesi sbagliate per l'espansione della variabile, prova a metterci le graffe...

nota che sed lavora con espressioni regolari, quindi rimpiazzare aaa.bbb con qualcosa non agisce solo su un match letterale "aaa.bbb" ma "aaa QUALSIASI CHAR bbb"

poi.. vediamo.. non capisco a che pro lo fai sto sed.. comunque.. spiegati meglio

codice:
alias c = 'cat<intestazione;g++ -o ${FILEGO} -W -Wall -pedantic ${FILE} | sed "s/${FILEGO}/\n/g;" '
alias go = './${FILEGO} ; cat <output.txt;'
alias cgo = 'cat<intestazione;g++ -o ${FILEGO} -W -Wall -pedantic ${FILE} '