davvero?? In effetti non ho provato solo l'esempio su IE, ma direttamente all'interno delle mie pagine.
Allora potrebbe essere colpa di ajax? O degli include?
il codice javasript è nella index, mentre le altre pagine vengono poi richiamate da ajax nei div.
Colpa loro?
Ti riporto il codice che uso con ajax
Codice PHP:
function caricaBox(string, IdBox) { //qui passo anche i JavaScript
var url_action = string;
new Ajax.Request(url_action, {onComplete:showResponse} );
function showResponse(originalRequest)
{
//$(IdBox).innerHTML = originalRequest.responseText;
var t = originalRequest.responseText;
t = execJS(t);
$(IdBox).innerHTML = t;
}
return false;
}
function execJS(t)
{
var p1 = 0, p2 = 0, p3 = 0, p4 = 0;
p1 = t.indexOf("<" + "script", 0);
if(p1 == -1) return t;
p2 = t.indexOf(">", p1 + 7) + 1;
p3 = t.indexOf("<" + "/script>", p2);
p4 = p3 + 9;
var c = t.substring(p2, p3);
var s = document.createElement("script");
s.type = "text/javascript";
s.text = c;
document.getElementsByTagName("head")[0].appendChild(s);
t = t.substring(0, p1) + t.substr(p4);
return execJS(t);
}
Ovvio, sempre grazie! 
EDIT: confermo il funzionamento su IE. Colpa dei passaggi temo