Lo Zend Engine (versione 1 e 2) è il motore che esegue il PHP. Quello a cui ti stai riferendo è lo Zend Framewok (o ZF). Chiamare le cose con il proprio nome è il primo passo per evitare dei problemi.
Per quanto riguarda ciò che ti fa arrabbiare, prima di iniziare lo sviluppo va fatta l'analisi di qualsiasi progetto. E' in questa fase che si decide quale framework usare in base agli obiettivi del progetto. Se scegli un framework solo perchè ti viene suggerito da qualcuno, è probabile che poi ti scontrerai con dei problemi non previsti. Senza parlare che spesso non si tratta di veri e propri problemi ma semplicemente di inesperienza nell'utilizzo dello strumento.