Ciao.
Grazie per l'aiuto. Ho risolto.
Ho tagliato la testa al toro. Ho reinstallato windows su quello già esistente inserendo il cd di Windows ed effettuando il ripristino nella procedura di installazione (tasto R) piuttosto che in quella di ripristino da console.
Facendo così sono andato a copiare i file mancanti senza formattare in maniera automatica da cd.

Grazie ancora.