Anzitutto il lavoro da fare e` lato server (come dici tu stesso).
Sui server il JS da solo non puo` bastare: occorre che ci sia un linguaggio che lavora dall'interno del server. Infatti da browser non ci possono essere i permessi per modificare qualcosa che risiede sul server (come dice br1, sarebbe un bel buco di sicurezza).

Quello che si puo` pensare di fare per il tuo problema e` avere un programma che gira sul server che riceve degli input da browser, ed in base a tali input aggiorna un database (dopo aver verificato che i dati inseriti non presentino rischi per la salute del server o del database).

In linea di massima queste operazioni vengono gestite da PHP o ASP (o altri, tipo JSP). Prima che venissero sviluppati tali linguaggi, la cosa si faceva con i CGI, e molti server ancora supportano i CGI, che hanno ancora qualche vantaggio sui nuovi sistemi quali la velocita` di esecuzione e la possibilita` di ottimizzare.
Questi sistemi piu` vecchi richiedono una maggiore abilita` nel programmare (che da come parli sembra tu non abbia)

E` piuttosto strano un webserver al giorno d'oggi che non supporti ne` PHP ne` ASP o sim, per cui verifica se effettivamente il tuo server non supporta una di tali tecnologie. Da quanto scrive br1, non sembra, ma penso valga la pena di verificare, eventualmente chiedendo al gestore del server.

Per una infarinatura sui CGI, prova a vedere il sito cgi.html.it (se esiste ancora) o il sito di Shishii (il moderatore di questo forum - quando ho studiato io i CGI e il Perl lo ho trovato buono e utile).
Per la tua scheda, forse e` necessario avere delle interfacce specifiche: infatti il consiglio e` di rivolgersi a prodotti specifici (vedi ultima riga del messaggio di br1).