L'altro tipo di upload probabilmente lo usa dopo aver fatto il crop quindi passato questo step potrò vedere se funziona 
Allora ho fatto come dicevi tu:
Codice PHP:
#apro il file
$input = fopen("php://input", "r");
#creo un file temporaneo
$temp = tmpfile();
# copio il file letto in quello temporaneo
$realSize = stream_copy_to_stream($input, $temp);
# ora avrò in $temp la copia del file...
ma per recuperarmi la cartella a questo punto ho provato con:
$path_temp = pathinfo($temp['name']);
e anche con
$path_temp = pathinfo($temp);
ma non mi esce niente..