No, non hai fatto casini, ha detto al tema di non usare più determinate stringhe gestite con le funzioni interne di WordPress ma hai imposto le tue stringhe.
Tra l'altro il codice che hai scritto non mi sembra in certi punti standard WordPress (almeno non delle ultime versioni) perché vedo quell'array $args che suppongo sia qualcosa gestito internamente dal tema che hai installato, il quale, forse, gestisce in qualche le stringhe.
Più che altro quando dici:
ALLA RIGA 1648 ho cancellato: id="reply-title" class="comment-reply-title"><?php comment_form_title( $args['title_reply'], $args['title_reply_to'] ); ?> <small><?php cancel_comment_reply_link( $args['cancel_reply_link'] ); ?></small></h3>
non credo che tu sia partito a cancellare da id="reply-title" perché altrimenti avresti lasciato un tag monco con mezza distruzione di pagina; poi non è possibile aver cancellato il tag </h3> e non il corrispondente <h3>.
Diciamo che sarà difficile essere più pronto la prossima volta a meno che non ti studi bene come funzionano i temi di WordPress e come funzionano le traduzioni, cosa impossibile da spiegare qui in due parole, e all'occorrenza ripiegherai sulla soluzione che hai adottato, in quanto "funziona". Ricorda solo che se dovesse uscire un aggiornamento del tema non potrai aggiornalo in quanto andresti a sovrascrivere le modifiche che hai apportato.

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