Temo che allora sia qualcosa di legato alla gestione delle porte seriali (COM) da parte del programma
In questo link parlano di un problema "simile" (un programma che funziona correttamente a 32 bit e non va più a 64)
http://social.msdn.microsoft.com/For...rum=vblanguage
Il suggerimento (risolutivo, anche se un po' strano) è di settare a "true" i parametri RTS e DTR della porta DOPO averla aperta.
Ovviamente questo implica modificare gli applicativi; e' una cosa che puoi fare tu ?
EDIT: ovviamente hai già verificato che nella macchina a 64 bit le porte abbiamo lo stesso nome (COM1, COM2, etc) e le stesse impostazioni (baud rate, parità, etc) del PC a 32 in cui tutto funziona...

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