usi InnoDB come engine, giusto?
questa è una delle stupidaggini di MySQL, almeno secondo me...
la soluzione "definitiva" per liberare lo spazio è un po' drastica, devi fare il dump del DB, stoppare MySQL, cancellare i file, riavviare MySQL e ricaricare il dump che avevi fatto
per evitare che cresca così tanto ci sono delle possibilità
ti lascio due link, nel primo un'analisi del problema e nel secondo una soluzione per evitare che si ripeta:
- http://www.percona.com/blog/2013/08/...wing-in-mysql/
- http://stackoverflow.com/questions/3...-file-in-mysql
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