Grazie siete stati chiarissimi.
Vedevo la finestra priva di dimensioni perchè mettevo pack() prima di aggiungere i componenti :P
In sostanza con super richiamo il costruttore di JFrame (questo solo perchè l'ho esteso alla classe finestra, altrimenti dovevo creare l'oggetto window) e posso applicare i vari metodi, poi ciò che riguarda la finestra lo scrivo all'inizio ad eccezione di pack() che gli da la dimensione a seconda di cosa c'è dentro e setLocationRelativeTo(null) che la centra dopo aver conosciuto le dimensioni del frame. Giusto?
Che avresti usato al posto del gridlayout? E perchè troppi pannelli? Per tenere tutto centrato su 2 colonne ho pensato che un gridlayout con all'interno un flowlayout per centrare i componenti fosse la soluzione migliore. Forse era meglio il borderlayout?
2 cose non mi sono troppo chiare:
eDirei che ti conviene fare un mainPanel che ti contenga tutti i tuoi panelli e poi aggiungerne solo uno al JFrame, è una gestione più lineare.
se guardi l'esempio che ho fatto io l'invocazione del frame viene fatta da SwingUtilities.invokeLater(), il perché lo puoi trovare facilmente online, riguarda quello che accennavo prima sull'EDT
Per la seconda cosa ho trovato qualcosa online dopo darò una lettura, ma per la prima credevo di averlo già fatto con il mainContainer

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