questa potrebbe essere una soluzione:

SELECT *
FROM confra
WHERE
CODICE2 NOT IN (SELECT COD_CONF FROM primanot WHERE QUOTA != '0.00' AND YEAR(DATA_REGIS) = '$anno')
AND
CODICE2 NOT IN (SELECT COD_CONF FROM primanot WHERE PERIODO LIKE '%$anno%')
AND DECED != '1'
AND YEAR(DATA_ISCR) <= '$anno'
ORDER BY NOME ASC