Dunque, se non ho capito male, tu vuoi che venga aperta una sola pop-up, sempre la stessa.
Allora, rifacendomi al codice dell'esempio che ti avevo suggerito:
codice:
MovieClip.prototype.apriPopupCentrata = function (nome, titolo, lar, alt, feat)
{
        var w = System.capabilities.screenResolutionX/2;
        var h = System.capabilities.screenResolutionY/2;
        var x = Math.round(w - (lar / 2));
        var y = Math.round(h - (alt / 2));
        getURL("javascript:window.open('"+ nome + "','" + titolo + "','width=" + lar + ",height=" + alt + ",screenX=" + x + ",left=" + x + ",screenY=" + y + ",top=" + y + "," + feat + "');void(0);");
};
quello che ho evidenziato in rosso è il parametro che fa capire al browser se aprire una nuova finestra o utilizzarne una già aperta:
> se titolo avrà un valore diverso ogni volta (oppure verrà omesso) il browser aprirà una nuova pop-up.
> se titolo avrà sempre lo stesso valore il browser utilizzerà la pop-up già aperta .