Per l'offuscatore, ad esempio:
http://www.google.it/search?hl=it&q=...fuscator&meta=
http://www.google.it/search?hl=it&q=...fuscator&meta=
Per quanto riguarda l'esecuzione con doppio click: non è niente che puoi sistemare con un parametro di compilazione di java... bensì si tratta di una feature collegata al sistema in cui viene eseguito il jar. In windows c'è il programma javaw.exe (lo trovi nella cartella bin del jdk). Il doppio click sul jar nel mio sistema sono mappati nell'azione:
"C:\Programmi\Java\jre1.5.0_06\bin\javaw.exe" -jar "%1" %*