Non ho impostato nessun settaggio, non posso agire direttamente sul php.ini, ho un server condiviso... purtroppo!
Il problema era: max_execution_time 120 (secondi)
2 soli minuti ma, durava 10 minuti per questo motivo:
La funzione set_time_limit() e la configurazione max_execution_time agiscono solo sull'esecuzione dello script in cui sono. Qualsiasi tempo perso in attività esterno allo script, tipo le chiamate di sistema tramitesystem(), operazioni sugli stream, query di database, ecc non sono incluse nel conteggio del tempo massimo che ha lo script per girare.
Lo script dura minimo 36 minuti, massimo non ho provato ma raggiunge facilmente le 5 ore.
Si tratta di elaborare dati di url esterni in base ai criteri da me selezionati, metterli insieme e creare un DB con una marea di info.