I caratteri " ' () sono tutto caratteri che non fanno parte dell'insieme da te preso in considerazione.
D'altronde come separatore delle parole hai usato lo spazio (e caratteri blank).
Per fare in modo che funzionino come caratteri di separazione, puoi modificare lo split:
my @parole = split(/[\s\"\'\(\)]+/);
Nota: nella parentesi quadra ci sono s, ", ', ( e ) tutti preceduti da backslash.
Vedi se questo ti va bene: non e` detto che sia corretto per i tuoi dati (che io non conosco)

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