ciao,
purtroppo è un problema...
cmq ho risolto con una scappatoia: memorizzo nel campo dell'oggetto solo la stringa che rappresenta l'xml invece che l'oggetto vero e proprio...
ogni volta che un metodo deve agire sull'albero crea un istanza a parte dell'oggetto DOMDocument, carica l'xml e lo riserializza dopo che ha finito...
in questo modo tutto sembra fungere