credo sia sufficiente una cosa del genere, per adeguare la json_encode del PHP a quella del JS:
Codice PHP:
$json = preg_replace('/([\\x{0001}-\\x{001f}])/ue', "'\\u'.sprintf('%04x', ord('$1'))", json_encode($data)); 
Ditemi se ci vedete errori.

Edit: la json_decode() non sembra funzionare con quel tipo di stringa, ottimo